Το φιλτράρισμα του ελαιολάδου γίνεται την ίδια μέρα παραγωγής του προκειμένου να αφαιρεθούν τα μικροσωματίδια που περιέχονται και δημιουργούν ίζημα. Η παρουσία του νερού και των ενζύμων που υπάρχουν στον κυτταρικό χυμό τα οποία καταλύουν αντιδράσεις οι οποίες έχουν επίδραση τόσο στα χημικά χαρακτηριστικά όσο και στα οργανοληπτικά χαρακτηριστικά αυτού του ελιξίριου υγείας. Έτσι η απομάκρυνση των ουσιών αυτών μέσω του φιλτραρίσματος αυξάνει την διάρκεια της συντήρησης και διατηρεί αναλλοίωτα τα ποιοτικά χαρακτηριστικά του και τις πολύτιμες και ευεργετικές στον οργανισμό πολυφαινόλες.

Για το φιλτράρισμα χρησιμοποιείται φιλτρόπρεσσα με φίλτρα κυτταρίνης, που κρατάει τα στερεά σωματίδια αλλά και τις σταγόνες του νερού κάνοντας το ελαιόλαδο διαυγές και γυαλιστερό.